Olá, vou lhe ajudar e resolver essa questão que não é um problema.
Tem um arquivo dentro de /home/USUÁRIO/Docker/Jellyfin chamado docker-compse.yml
Esse arquivo encontra-se todo comentado. Deixei, com intuito de ficar mais organizado, para o conteúdo a ser adicionado no jellyfin ficar dentro de:
${HOME}/Docker/Jellyfin/tvseries # Para Séries
${HOME}/Docker/Jellyfin/movies # para Filmes
Então você pode alterar esses diretórios ou apenas criar um link do que quer que fique no jellyfin apontando para uma dessas pastas.