É bastante improvável que exista diferença real na velocidade de gravação entre os sistemas, a questão fica em torno do tamanho da cache em RAM utilizada, no BigLinux ela é proporcional a quantidade de memória RAM.
Esse comando pode ser utilizado para monitorar o uso de cache nessas transferências de arquivos:
watch "grep -e Dirty: -e Writeback: /proc/meminfo"
Por isso é preciso remover o pendrive via sistema antes de desplugar, o tempo que demora por que os dados ainda não foram realmente gravados e só pode desplugar ao concluir a gravação.