Passei umas duas horas tentando, mas consegui desvendar o mistério, para variar um programa extremamente mal portado para Linux.
Mesmo a versão dizendo ser de 64 bits utiliza um mysql em 32 bits que depende de uma lib obsoleta que não está no repositório, porém está no AUR, pode ser instalada pelo "Adicionar/remover programas", é o pacote: lib32-libxcrypt-compat
É preciso mandar compilar e aplicar, aqui deu erro na primeira tentativa e funcionou na segunda.
Abra novamente o SPED e veja se funciona, no meu caso não funcionou, pois eu já utilizo o mariadb no sistema, que é um programa alternativo ao mysql e adiciona o arquivo /etc/my.cfg
A questão é que mesmo sendo um programa feito para funcionar de forma isolada o SPED lê a configuração do mysql do sistema que é conflitante com a versão obsoleta do mysql que eles utilizam, então temos uma situação inusitada, se o usuário utiliza outros programas que utilizam também o mysql, provavelmente terá conflitos.
A opção mais viável que encontrei caso também utilize o mysql em outros programas é desativar o acesso de leitura ao arquivo de configuração com o comando:
pkexec chmod 640 /etc/my.cnf
Para voltar o acesso ao arquivo de configuração pode utilizar o comando:
pkexec chmod 644 /etc/my.cnf
Essa mudança no acesso ao arquivo também pode ser feita pelo gerenciador de arquivos em modo administrativo, mas acaba sendo mais prático com o comando.